Öt év telt el azóta, hogy Hablaty és Fogatlan sikeresen összehozta a vikingeket és a sárkányokat. A Berk szigeti élet teljesen átalakult: a sárkányok a vikingek mindennapjainak részévé váltak, és békében élnek egymás mellett.
Hablaty azonban még mindig keresi a helyét a világban, és az eget járva új területeket fedez fel Fogatlannal. Egyik útja során belebotlik egy titokzatos sárkánylovasba, akiről kiderül, hogy az eltűnt édesanyja, Valka (Cate Blanchett), aki évek óta egy rejtett sárkányrezervátumban él.
Eközben azonban egy új ellenség, Drákó Vérdung (Djimon Hounsou) is feltűnik, aki egy sárkányhadsereget épít, hogy meghódítsa a világot. Drákó rendelkezik egy óriási Alfa-sárkánnyal, amely képes más sárkányokat uralma alá hajtani.
Hablaty és barátai kénytelenek szembeszállni vele, hogy megvédjék otthonukat és a sárkányaikat. A harc során veszteségekkel és nehéz döntésekkel kell szembenézniük, és Hablaty végül ráébred arra, hogy igazi vezérré kell válnia.