ermészeti környezete, a város alá hajló Duna-ág rendkívül
vonzóvá teszi Baját. Központi tere, a Szentháromság tér, melyet a magyarországi
Szent Márk térként tartanak számon, három oldalról beépített, egy oldalról
nyitott, a Sugovicárnéz, lóhere formában keresztezik az utak.
A város és közvetlen környéke a honfoglalástól folyamatosan lakott
területnek számít. Neve török eredetű, amelyet valószínűleg első birtokosától,
Bajától nyert. (Baja jelentése: bika.) A város első hiteles írásos említése
1323-ból való.
A törökök 1541-ben megszállták Magyarország középső területét, így Baját is.
Egy magyar krónikás így ábrázolja a Bácskát a török hódoltság idején, 1553-ban:
“Jó Isten! Mily szomorú képet mutat az egykor legjobb, legtermékenyebb föld;
mily elhagyatott itt minden, mennyi vad tanyázik a szántóföldeken és szőlőkben,
mily ritka mindenfelé a földműves, ritka az állat, s a pusztaság végtelen.”
A Habsburg császárok vezette felszabadító háborúk 1686-ban érték el a
Duna-Tisza közét, s Baján már az 1688-as hadjárat megkezdése előtt megszűnt a
török uralom, ismét a Habsburg Birodalom részévé vált.
A várost és határát – mint földesúr – a kincstár (kamara) foglalta le
magának. I. Lipót császár 1696. december 24-én szabadalmas kamarai mezővárossá
nyilvánította. (A dátummal, Ádám-Éva napjával magyarázható Baja címere, mely az
első emberpárt ábrázolja a paradicsomi almafa alatt.)
A török hódoltság, a felszabadító háborúk, a Rákóczi-szabadságharc alatt
elpusztult vagy elmenekült népesség helyére telepítésekkel, bevándorlással új
népesség érkezett, s kialakult Baja sokszínű nemzetiségi összetétele.
A bajai uradalom 1750-ben a korszak legnagyobb birtokszerzőjeként számon
tartott gróf Grassalkovich Antal tulajdona lett. A város főterén álló, barokk
stílusú kastélyát eredetileg a kalocsai érsek építtette, de a köztudatban
Grassalkovich-kastélyként őrződött meg. (Ma a városháza épülete.)
A város gazdasági fellendülése ebben az időben felgyorsult. A környék 
gabonakereskedelmének központja volt, innen indultak a terményekkel 
megrakott hajók a birodalom távoli részei felé. A XVIII. század elejétől
 a múlt század közepéig 31 céh kapott működésre engedélyt. A környékbeli
 falvak lakóinak fontos piaca volt a város.
A városban 1840. május 1-jén hatalmas tűzvész tombolt, melynek 
következtében elpusztult 1282 lakóház és 812 melléképület, 5 templom, a 
zsinagóga és a kórház, s 46 emberéletet követelt a tűz.
A város önálló élete 1862-ben kezdődött, mikor 722 000 forintért 
megváltotta magát a Zichy családtól. Baja 1873-ban törvényhatósági 
joggal felruházott város lett. Első polgármestere a zsidó származású 
Hauser Mór. Amennyiben meghatározható egy állandóan változó város 
lelkisége, úgy Bajára – éppen sokszínű nemzetiségi és vallási 
összetétele miatt – talán a tolerancia a legjellemzőbb.
 Baja fejlődése a múlt század közepétől kezdve lelassult. Amilyen 
arányban nőtt a vasutak, különösen az elsőrendű, egyes országrészeket 
összekötő fővonalak jelentősége, olyan arányban vesztette el Baja a 
térségben gabonakereskedelmével és kisiparával játszott vezető szerepét.
 Nem vesztette el azonban az oktatás, a kultúra szempontjából 
meghatározó jelentőségét.
 A Dunántúllal összekötő vasúti híd 1909-ben elkészült, s bár Baja fontos
 hídvárossá vált, de gazdasági fellendülést mindez már nem hozott, 
hiszen az első világháború után Bács-Bodrog vármegye nagyobbik része 
Jugoszláviához került, Baja határszéli várossá vált.
 Az Osztrák-Magyar Monarchia utolsó uralkodóját, a trónfosztott IV. 
Károlyt és feleségét, Zita királynét 1921. november 1-jén különvonattal 
hozták Bajára, itt szálltak át egy brit monitorra, s hagyták el 
Magyarországot. A rakparton szerény emlékművet állított a város a 
következő szöveggel: “IV. Károly Magyarország Felkent Apostoli Királya e
 helyről hagyta el hazáját és szállt hajóra, hogy az ellenség 
számkivetésbe vigye őt. Erről emlékezvén Magyarok tanuljátok jobban 
szeretni a hazát, mint ahogy egymást gyűlölitek.”
Magyarország német megszállása után (1944. március 19.) megkezdődött a 
zsidók gettókba kényszerítése majd elhurcolása. Baja polgármestere, dr. 
Bernhart Sándor mindent megtett, hogy enyhítsen a zsidók szenvedésein, a
 városban az antiszemitizmusnak nem volt bázisa.
 A
 második világháború alatt ugyan nagy károkat nem szenvedett a város, a 
stratégiailag fontos Duna-hidat azonban a szövetséges légierő 1944. 
szeptember 21-én felrobbantotta.