A történet a X-Men filmek előtt játszódik, és Logan (Hugh Jackman) fiatal éveit és a múltját követhetjük nyomon. A film a karakter születésétől kezdve bemutatja, hogyan vált emberből a szupererőkkel rendelkező mutánssá.
Logan több mint 100 évet élt, és a történet során különböző háborúkban és erőszakos eseményekben vett részt, miközben fokozatosan ráébredt, hogy az ősi, farkasszerű mutáns képességei különlegesek. A film középpontjában Xavier professzor és a X-Men csapata megalakulása előtti időszak áll, valamint Logan személyes háborúja azzal, hogy hogyan fogadja el mutánsi mivoltát és múltját.
A történet kulcseleme Victor Creed (Liev Schreiber), Logan testvére, aki egy szintén mutáns, és a történet során szembekerülnek egymással, mivel Victor mindenáron meg akarja használni mutáns képességeit a hatalom megszerzésére. A filmben szereplő másik fontos szereplő William Stryker (Danny Huston), aki Logan számára sötét titkokat és fájdalmas igazságokat tálal.
A filmben Logan egy új, fémcsontozatú és gyógyulni képes emberré válik, és megkezdődik a küzdelme a saját múltja és a csalódott jövő ellen.