Tíz évvel az előző film cselekménye után járunk, a „majominfluenzának” elkeresztelt vírus elterjedt az egész világon és milliárdok haltak meg tőle, eközben Cézár és majomtársai takaros közösséget alapítottak a San Francisco melletti erdőkben. A vírus hatására a civilizált világ lepusztult, nincs áram és energiaforrás, ezért a San Franciscóban élő, vírusra immunis túlélők egy csoportja, bizonyos Malcolm vezetésével szeretné beindítani a várostól nem messze lévő vízerőművet. Az erőmű azonban a majmok területén található, ezért indul Malcolm egy kis csapattal tárgyalni Cézár-ékkal.