A film ugyanott kezdődik, ahol az előző rész abbamaradt: a megkötözött Dr. Zaius és Taylor párbeszéde közben Cornelius felolvas a Szent Tekercsekből!
Ezután Taylor rábukkan a Szabadság-szobor maradványaira, majd kétségbeesésében Novával belovagol egyenesen a Tiltott Zónába, ahol nyoma vész. Ugyanebben az időben egy másik űrhajó csapódik be, fedélzetén Brent űrhajóssal és társával, aki nem sokkal később meghal. Mentőcsapatként küldték őket Taylorék után, s úgy hiszik, megtalálták őket. Brent abban a hitben van, hogy 3955-öt írunk (az első film alapján azonban 3978-ban kellene lenniük). Összetalálkozik a lovagló Novával, akinél ott van Taylor dögcédulája. Abban a hitben, hogy az űrhajós még él,