Alex, Marty, Gloria és Melman épp elhagyni készülnek Madagaszkárt egy repülőn, ahol a pilóták természetesen a pingvinek. Az összeeszkábált géppel nem jutnak messzire, éppen csak Afrikáig. A landolás nem megy könnyen, ugyanis lezuhannak, de a pingvinek ügyességének köszönhetően ép bőrrel megússza mindenki.
Főhőseink találkoznak vadon élő társaikkal, sőt, Alex rábukkan a szüleire. Ahhoz, hogy Alex újra a falkához tartozzon, beavatási szertartáson kell átesnie, ami balul sül el. Ezért apja, Zuba átadja a hatalmat Makungának, aki kitagadja Alexet, és a szülei is elhagyják a falkát.