Miután nyilvánosan is kritizálni kezdi a tevékenységét, Balestre megfenyegeti Sennát, hogy ki fogja záratni az 1990-es bajnoki küzdelmekből, ha nem fejezi be a rágalmazását. Sennát végül a szülei győzködik, hogy írjon egy engesztelő levelet. Az 1990-es idény ismét Japánban dől el, és ezúttal Prostnak kell nyernie. Senna pole pozíciót szerez, Balestre azonban semmibe veszi a kérését, hogy ne a porosabb oldaláról induljon a rajtrácsnak. A verseny előtt sor kerül a pilóták eligazítására, ahol Sennát feldühíti, hogy űjra felhozták a tavalyi esetet, és úgy érzi, rá más szabályok vonatkoznak. Prost jól rajtol a futamon, de az első kanyarban újra összeütköznek, kiesnek, és így Senna lesz a világbajnok. Kettejük viszonya a mélypontra kerül, ráadásul Sennát többen kritizálják a manővereiért, köztük gyerekkori példaképe, Jackie Stewart is.
1991-ben a sebességváltója meghibásodása ellenére életében először győzni tud hazai pályán. Bár az idényben a Williams és Nigel Mansell is jobbak nála, mégis meg tudja nyerni harmadik világbajnoki címét. Xuxával rendeződik a kapcsolata, de mint csak barátok, és helyette Adriane Galisteu-val kezd el randevúzni. Mikor meglátogat egy munkásosztálybeli fiút, akitől rajongói levelet kap, elhatározza, hogy több jótékonysági feladatot vállal. Közben a Williams tönkreveri a mezőnyt 1992-ben és 1993-ban, az utóbbi évben Prost révén, aki megakadályozza, hogy Senna is ideigazoljon. Prost végül visszavonul az idény végén, Senna pedig a Williams versenyzője lesz.